protocolo de muestreo

Muestreo del suelo para el análisis molecular de las secuencias de ADN de AMF y EMF modificadas a partir del protocolo Silva Nova/SOILBON.

en campo: equipo necesario
  1. dispositivo GPS
  2. Libreta con bolígrafos
  3. Cinta Transect
  4. Bolsas de plástico Mini-Grip o Ziplock (de tamaño grande y pequeño; galones y cuartos de galón)
  5. Descorazonador de tierra de metal o PVC de 5 cm de diámetro x 10 cm de largo (o similar)
  6. Mazo o martillo de goma
  7. Guantes de plástico o nylon
  8. Marcador permanente
  9. Tubos o bolsas de plástico (50 ml)
  10. Gel de sílice
  11. Cámara
procedimiento
  1. Navegue hasta el sitio de muestreo y coloque dos transectos en ángulo recto para delinear un área de 900 m2 (30 m x 30 m) para el muestreo. Se recolectarán 9 submuestras (de 5 cm de diámetro a 10 cm de profundidad). Consulte la figura para ver el esquema general de muestreo. En total, tendrás que combinar 9 muestras de la misma parcela en la bolsa de plástico. Se puede cambiar el tamaño de la cuadrícula para estudios que tomen muestras de ubicaciones más pequeñas que no caben dentro de una cuadrícula de 30 x 30 m, aunque el tamaño preferido es de 30 x 30 m.
  2. Rellene la hoja de metadatos.
    A. Anote el país de muestreo, el nombre del líder de la expedición y los colaboradores.
    B. Clasifique el uso de la tierra del sitio (por ejemplo, pequeña granja, no agrícola, urbana, quemada).
    C. Registre las coordenadas GPS (WGS1984) utilizando un dispositivo GPS e idealmente en formato decimal (por ejemplo, -39.5818, -71.51917).
    D. Estime aproximadamente el número de especies de plantas presentes y el% de cobertura de árboles en comparación con el pasto o las plantas más pequeñas. Es importante documentar las plantas micorrízicas ectomicorrízicas y ericoides (Ericaceae). Si conoce los nombres de las plantas, anótelos.
    E: Notas finales: anote cualquier otra cosa importante que no esté en la lista anterior.
  3. Ponte guantes. Retire la capa de basura (material suelto) del punto central.
  4. En el primer punto central, registre la elevación y las coordenadas GPS con un dispositivo GPS.
  5. Recoja la primera muestra de este punto central (de 5 cm de diámetro a 10 cm de profundidad) con el descorazonador de tierra y coloque la tierra en la bolsa de plástico grande. Quite las raíces grandes y las rocas con la mano (o con un colador, si lo prefiere). Escriba el nombre del lugar de muestreo, las coordenadas GPS, la fecha y el recolector con un marcador en cada bolsa. Tome una foto de cada bolsa.
  6. En cada dirección cardinal desde el punto central, mida 15 m y recoja las muestras restantes después de retirar la basura suelta. Luego, complete un cuadrado completo para recolectar las 8 muestras restantes (consulte la figura). Debe haber 9 submuestras en total.
  7. Frote la parte exterior de la bolsa con las manos, mezcle bien las muestras pero con cuidado para que la tierra se convierta en una mezcla homogénea. La mezcla debe hacerse durante al menos 2 minutos para garantizar una homogeneización suficiente.
  8. Procese las muestras de suelo según las condiciones del campo (húmedo o seco):

    Para suelos secos
    : Tome una submuestra de 10 a 20 gramos en la bolsa (o tubo) más pequeña y añada una bolsita de té limpia con 10 a 20 g de gel de sílice a la bolsa/tubo de tierra. Si lo prefiere, mantenga las muestras refrigeradas con hielo o compresas frías en una hielera de campo. Si vas a realizar un viaje de recolección que dura varios días y no tienes acceso a refrigeración, puedes secar las muestras al aire libre o seguir reemplazando el gel de sílice cuando sea necesario. No congele las muestras en el campo, ya que queremos evitar el impacto de congelarlas y descongelarlas varias veces durante el transporte.

    Para suelos húmedos: Tome una submuestra de 10 a 20 gramos en la bolsa (o tubo) más pequeña y manténgala en hielo o compresas frías en el campo. Refrigere al final del día (si es posible) hasta que llegue a la última instalación de almacenamiento. No congele las muestras en el campo, ya que queremos evitar el impacto de congelarlas y descongelarlas varias veces. Si la refrigeración no es posible, utilice el mismo protocolo sugerido para suelos secos.
  9. Diríjase al siguiente sitio de muestreo y repita los pasos 1 y 2. En la nueva ubicación, confirme que está al menos a 1,2 km (distancia sugerida) de su ubicación de muestreo anterior. Verifique esto con su dispositivo GPS.
  10. Realice un «lavado de tierra» en el núcleo del suelo para eliminar la tierra de la ubicación anterior. Para ello, recoja un núcleo de tierra del área de muestreo y deséchelo en el suelo.
  11. Repita el procedimiento hasta que se hayan recopilado todos los sitios.
  12. Lo antes posible, las muestras deben trasladarse a -20 ºC o -80 ºC para su almacenamiento hasta que se pueda extraer el ADN.