Des champignons mystérieux : des chercheurs identifient les points chauds de « taxons noirs » dans les écosystèmes souterrains de la Terre

On estime que seulement 155 000 des quelque 2 à 3 millions d'espèces fongiques de la planète ont été officiellement décrites. Maintenant, une revue publiée dans Biologie actuelle le 9 juin montre que pas moins de 83 % des espèces ectomycorhiziennes sont des taxons dits sombres. L'étude permet d'identifier les points chauds souterrains d'espèces mycorhiziennes inconnues présentes dans les forêts tropicales d'Asie du Sud-Est et d'Amérique centrale et du Sud, dans les forêts tropicales et les zones arbustives d'Afrique centrale, dans les forêts de conifères de montagne de Sayan au-dessus de la Mongolie, etc. Cette découverte a de graves implications pour la conservation.

Les noms jouent un rôle important dans les sciences naturelles. Traditionnellement, une fois qu'une espèce est décrite, elle reçoit un binôme, un nom composé de deux mots latins qui décrivent l'espèce et le genre. Ces noms sont utilisés pour classer les champignons, les plantes et les animaux et constituent des identifiants essentiels pour la conservation et la recherche. La plupart des champignons mycorhiziens présents dans la nature sont détectés à l'aide de l'ADN environnemental (ADNe), du matériel génétique que les organismes rejettent dans leur environnement. Les scientifiques extraient l'ADNe fongique d'échantillons de sol et de racines, séquencent cet ADN, puis analysent ces séquences par le biais d'un pipeline bioinformatique qui fait correspondre une séquence à une espèce décrite. Pour les taxons noirs, il n'y a pas de correspondance, juste des chaînes de As, Gs, Cs et Ts.

« Nous sommes loin de relier toutes les séquences d'ADN fongique à des espèces nommées », explique l'auteure principale Laura van Galen, écologiste microbienne travaillant pour le Société pour la protection des réseaux souterrains (SPUN) et Université ETH, Suisse. « L'ADN environnemental présente un énorme potentiel en tant qu'outil de recherche pour détecter les espèces fongiques, mais nous ne pouvons pas inclure d'espèces anonymes dans les initiatives de conservation. Comment protéger quelque chose qui n'a pas encore été nommé ? »

Les champignons ectomycorhiziens constituent l'un des plus grands groupes de champignons mycorhiziens et forment des partenariats symbiotiques avec environ 25 % de la végétation mondiale. Les champignons ectomycorhiziens facilitent la réduction de plus de 9 milliards de tonnes de CO₂ chaque année (plus de 25 % des émissions annuelles de combustibles fossiles) et aident les forêts de la Terre à fonctionner en régulant les cycles des nutriments, en améliorant la tolérance au stress et même en décomposant les polluants.

Les travaux des chercheurs ont révélé que les taxons noirs de champignons ectomycorhiziens ne sont pas répartis uniformément sur la Terre. « Il existe des points chauds de taxons très foncés dans le monde entier, mais ils sont particulièrement concentrés dans les régions tropicales de l'Asie du Sud-Est et dans certaines parties de l'Amérique du Sud et de l'Afrique », explique van Galen. « La plupart des recherches sur les champignons ectomycorhiziens se sont concentrées dans le Nord, mais les régions des latitudes moyennes et de l'hémisphère sud semblent abriter de nombreuses espèces inconnues. Cela signifie qu'il y a un décalage entre les ressources et le financement. Nous devons combler cette lacune et aider davantage de chercheurs tropicaux et ceux des régions de l'hémisphère sud à se concentrer sur l'identification de ces champignons extrêmement importants. »

Les chercheurs ont des suggestions sur la façon dont nous pouvons commencer à faire sortir ces champignons de l'ombre. « L'un des moyens de réduire le problème des taxons noirs est de collecter, d'étudier et de séquencer des champignons et d'autres champignons », explique la co-auteure Camille Truong, écologiste des mycorhizes au SPUN et chercheuse au Royal Botanic Gardens Victoria en Australie. « À l'inverse, certains champignons sont présents depuis des décennies dans les collections des jardins botaniques. Ils devraient être séquencés de toute urgence afin que nous puissions, espérons-le, commencer à les associer à certains de ces taxons sombres. »

De nombreuses espèces fongiques non identifiées sont associées à des plantes elles-mêmes menacées d'extinction. « Nous sommes en danger ici », déclare van Galen. « Si nous perdons ces plantes hôtes, nous risquons également de perdre des communautés fongiques très importantes dont nous ne savons rien encore. »

La technologie est disponible, mais ce qui manque, c'est l'attention. « Nous devons vraiment accorder beaucoup plus d'attention aux champignons présents dans le sol afin de comprendre les espèces, de les protéger et de les conserver avant de les perdre », déclare van Galen. L'équipe espère que les organisations de conservation utiliseront ces informations pour protéger les points chauds de la biodiversité souterraine, même si ces espèces restent anonymes.

‍